南京医科大学是国家“双一流”建设高校，首批教育部、国家卫生健康委与江苏省人民政府共建医学院校，江苏高水平大学建设高峰计划A类建设高校。学校创建于1934年，时名江苏省立医政学院，抗战时期更名为国立江苏医学院。1957年，由镇江迁至南京，更名为南京医学院。1962年，被列为全国首批六年制医药院校。1981年，被批准为全国首批博士、硕士学位授予单位。1993年，更名为南京医科大学。
学校建有江宁校区、五台校区和康达学院连云港校区，校本部有教职工1900多人。学校现有中国工程院、科学院院士7人（含双聘院士），美国国家医学院外籍院士1人，国家级高层次人才78人次。学校拥有国家级教学团队6个，其中，入选“全国高校黄大年式教师团队”2个；有国家级课程思政示范团队1个，教育部“创新团队”1个，国家创新研究群体2个。
学校现有一级学科博士学位授权点8个、二级学科博士学位授权点54个、交叉学科博士学位授权点5个、专业博士学位授权点2个；一级学科硕士学位授权点11个、二级学科硕士学位授权点65个；博士后科研流动站6个，学位授权点覆盖医学、理学、工学、管理学、法学、教育学和文学7个学科门类；拥有国家重点学科3个、国家重点（培育）学科1个、国家临床重点专科29个、江苏高校优势学科（三期）6个。在全国第四轮学科评估中，公共卫生与预防医学获评A+等级，临床医学、基础医学、口腔医学、护理学获评B+等级，药学获评B等级；9个学科位列ESI全球排名前1%，其中，临床医学学科、药理学与毒理学学科位列ESI全球排名前1‰。
学校设有19个学院，拥有附属医院、区域医疗中心、教学医院、附属疾控中心等丰富的临床和公共卫生教学资源。设有25个本科专业，2个本硕博一贯制专业方向、3个“5+3”本硕一体化专业方向，在校学生总数近2万人。学校入选教育部基础学科拔尖学生培养计划2.0基地，国家级一流本科专业建设点占全校专业总数七成以上，5部教材荣获首届全国优秀教材奖，建有一大批国家级教学平台和课程资源。学校招生、培养和就业工作广受社会各界的好评，毕业生执业医师资格考试通过率位居国内同类院校前列，毕业生就业率始终保持在96%以上。
学校拥有生殖医学国家重点实验室，建有环境与人类健康国际联合研究中心、肿瘤个体化医学省部共建协同创新中心等国家级科研平台，以及30多个省部级重点实验室（工程研究中心、创新中心）。拥有国内一流的医学模拟教育中心和江苏省医药动物实验基地，建有省内唯一的省级卫生政策智库—健康江苏研究院。“十三五”以来，承担国家重点研发计划项目(课题)，国家自然科学基金重点、重大项目，创新研究群体项目等国家级重大科研项目近百项，产生了以国家自然科学二等奖为代表的一批国家级和省部级奖项。
近年来，学校广泛开展对外交流活动，与各级政府，国内外高等院校、科研机构、社会团体等建立了形式多样的联系与合作。学校先后与美国、加拿大、澳大利亚、瑞典、日本、台湾、香港等国家和地区的医学院校或科研机构建立了良好的双边合作和学术交流关系。
“十四五”期间，学校坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指引，聚焦一流医学教育、一流学科体系和一流办学条件，凝心聚力、统筹施策、开拓创新、改革攻坚，努力建成国内一流、国际知名的高水平研究型医科大学。